故事叙说了小马Twilight Sparkle为了执行导师Celestia公主给她的义务，与助手Spike一同分开小马镇学习有关友谊魔法的知识，在学习和生活的进程中她结识了五位好冤家，并取得了真正的友谊，与冤家们共同维护小马国，并在特殊日常中体会友谊的芬芳。

故事将衔接TV版第三季结局紫悦(Twilight Sparkle)退步为天角兽(Alicorn)加冕成新公主之后的生活，此时水晶帝国的珍贵王冠被偷窃；为了寻回王冠，紫悦公主将接下重责大任，独自前往另一个平行世界；在那里，紫悦将发现平行世界中的穗龙(Spike)变成了一只狗，而自己则变成了有双手也能双腿站立的人类！身分将改为少女高中生，侧重新相遇化身为人类版本的小马冤家们……