某日，一群运用风遁之术的空忍空袭火之国，有数民众和忍者遇害，情势危殆据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现卡卡西（井上和彦 配音）等人则担任侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）授命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡治疗伤者。另一方面，不可救药的大蛇丸得知神农