故事描画一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年分开野原广志和美冴的家里，通知他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到微妙忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故土，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

故事描画一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年分开野原广志和美冴的家里，通知他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到微妙忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故土，世代守护着地球的能量宁特鲁的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。