四个情同手足的乌龟少年不时生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫拙劣的“忍者神龟”，盼望被人类接纳的四小只，在人类冤家艾普的协助下，末尾追踪一个微妙的立功集团，但随着一支弱小变种生物军队的来临，异常属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大费事来了……