少林寺数百年来弘扬大业，开展武功，曾为太平盛世立下不朽勋绩。清廷为打压异己，控制人民，借助少林叛徒石少锋（田俊饰）等人围攻少林，致使少林弟子流落各地。少林大智禅师自得弟子云飞谭道良饰）功夫学成，奉师命下山维护反清义士并清算少林门户。云飞于路得谭小弟（成龙饰）协助混入石少锋所在白石镇。恰逢众义士陷害一少林子弟，不幸石少锋一伙早有预备，石之左膀右臂杜清（洪金宝饰）将众义士杀伤有数。云飞接近杜清，假意投

少林叛徒石少峰投靠清廷，并试图阻止一班义士推翻满青政府义士 《少林门》谭雁被石捉拿入狱，其后在狱中自杀少林方丈于是派遣爱徒云飞去阻止石继续滥杀无辜，其间云失掉一心想为兄长报仇的谭小弟及江南浪子的协助…… 　　 　　明朝末年，反清起义此起彼伏，少林亦为了官方疾苦与民族大义举起反清大旗。少林叛徒石少锋为了荣华贫贱投靠清廷，并残杀义士，作朝廷的爪牙拘捕推翻清廷的义士。义士谭雁被石少锋捉拿入狱，不堪忍受狱

雍正年间，湖南秀才曾静因不满清廷统治，上书陕西总督岳钟祺筹划反清。预先，雍正就此事大做文章，对案犯严加审问，广肆牵连，由此引出浙江文士吕留良文字狱案。曾静等人鎯铛入狱，后被满门抄斩，吕留良一家也未能幸免。事发当晚吕留良之孙女吕四娘被少林高僧甘凤池于刀剑下救走，甘遂收四娘为徒，授之以飞檐走壁及刀剑武艺。学成后四娘北上京城，与几位义士一同设计潜入乾清宫，击败黑色无常、大内太监总管和中间会武功的巨型黑猩