以成为神奇宝贝巨匠为目的，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地中止艰辛的修业之旅，明天他们历经长途跋涉终于分开了风景秀美的米琪亚镇在外地一对小兄妹的引见下，小智一行前往神殿遗址游玩谁知却遭遇了极端风险的状况。关键时辰，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）协助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还