奥特朗托军队入侵那不勒斯国家，列奥纳多.达芬奇利用其研制的武器瞄准了奥特朗特的战舰，却意外发现他的母亲在那艘战舰上，奥特纳多.达芬奇陷入了深深的纠结中，但是为了保卫他的国家,他迫于无奈地让火线继续燃烧。炮弹击中了并摧毁了奥特朗托的战舰，列奥纳多.达芬奇的母亲也被淹没于大海之中。庆功宴上，列奥纳多.达芬奇无心于庆功，他为自己亲手毁掉自己毕生追寻的母亲而感到后悔、伤心、无奈，同时又不愿意怀疑自己所研制的武器。在于阿方索.那不勒斯国王吵了一架后，他来到白天战争的站台上，却意外发现一些诡异的现象，他立即回去告诉大家，一些人怀疑奥特朗托军队还隐藏着他们不知道的实力，但国王不相信，他坚持第二天起航，把奥斯
列奥纳多.达芬奇在在摧毁装甲车的过程中失败，同时也将自己置于危险之中。列奥纳多.达芬奇和剩余的人只能继续逃跑躲藏。奥特朗托军队战胜那不勒斯军队，那不勒斯国家面临亡国的灾难，意大利也面临着灭亡的灾难，教皇西克斯特认为奥特朗托下一个目标一定是罗马，是针对他，教皇十分彷徨，他要求吉罗拉莫.利拉奥做好准备，该花钱的地方要花钱办好。洛伦佐.德.美蒂奇被土耳其人捉住，备受屈辱。后来，列奥纳多.达芬奇被告知是阿拉西姆背板了他，阿拉西姆盗用了他的武器装置，并将它们给了奥特朗托军队，相当于利用他发动了战争，列奥纳多.达芬奇生气不已，阿拉西姆让列奥纳多.达芬奇加入他的队伍，与他一起完成它们的梦想，列奥纳多.达芬奇
教皇西克斯特同意领导圣战，离开了牢狱。列奥纳多.达芬奇和泽罗成功逃离那不勒斯，但列奥纳多.达芬奇和泽罗面对是否要去罗马，是否要寻求吉罗拉莫.利拉奥的帮助起了争执，泽罗不愿意吉罗拉莫.利拉奥帮助，便离开了列奥纳多.达芬奇。列奥纳多.达芬奇仅见教皇，但教皇不相信列奥纳多.达芬奇，他要求列奥纳多.达芬奇亲吻他的戒指，列奥纳多.达芬奇迫于无奈亲吻了，然后离开了。吉罗拉莫.利拉奥追上去，说明了原委。列奥纳多.达芬奇便开始调查罗德里戈主教被杀的案件，罗德里戈主教被残忍杀害后又被倒钉在十字架上，在调查的过程中，又发现克拉丽斯被杀，同样钉在十字架上，经调查，列奥纳多.达芬奇怀疑是卡洛。吉罗拉莫.利拉奥便前往告
