瑞丽是一名医生，她在回家途中遭到科尔的绑架。科尔称自己是时间旅者，他请求瑞丽帮自己找到利兰。瑞丽称自己并不认识利兰，科尔定下两年之约后消失在她眼前。瑞丽如期赴约，她相信了科尔是能穿梭在时光中的人。科尔肩负着拯救世界的重任，他与瑞丽要做的是杀掉释放瘟疫病毒的利兰。科尔成功杀掉利兰时从他口中得知了十二猴子军团的事，他回到未来将此消息告知琼斯，詹尼弗则接手了十二猴子军团的任务。
瘟疫起源于十二猴军团，它的图腾最先出现在2015的精神病院中。科尔重返2015年调查图腾，却失控的穿越到2006年的朝鲜。经历错误的穿越后，科尔进入精神病院接近画出图腾的利兰女儿詹尼弗，也从她的口中得知一个恐怖组织在寻找利兰神秘实验室中的病毒。好友为帮瑞丽调查而惨遭杀害，瑞丽也遭到杀手警告。瑞丽设法找到科尔，然而此时杀手绑架了詹尼弗，科尔却没能将其救回。
Cole前往2014年寻找病毒的具体位置。Railly医生遭遇人生中最可怕的时刻——这与发生在海地的危险病毒大爆发有关。
