保生大帝是海峡两岸民众共同信奉的医神，千百年来，这位医神庇佑着海峡两岸万千生灵。热情、善良的村姑三红在祭祀保生大帝的仪式中遇到了化身为凡人的保生大帝——吴夲。可是，为当地百姓免费治病赠药的吴夲却得罪了本地医官任二举，被时为地方医馆的二举打上门来。正在二人纠结之时，由瘟君派出的黑龙白虎下界作怪，后被吴夲施展法术打伤败逃。三红也因此认出了吴夲是保生大帝的神仙身份，执意要嫁他为妻，无奈吴夲并无此意。被打败的黑龙白虎受了重伤被瘟君赶了出来，吴夲以德报怨收留他们，为其治病，二兽感恩图报，幻化成人形投靠在吴夲门下。任二举负伤无人能医，只得请来吴夲，吴夲要求任二举伤愈之后不得再做官。任二举为了可以得到吴夲的
吴夲被带回天庭，由太白金星出面审理瘟君一案。在天庭上经过一番舌战，但由于太白金星的私心，吴夲反被诬陷，玉帝夺去了吴夲“保生大帝”的封号。黑龙白虎也被李天王捉拿上天。吴夲为救黑龙白虎二兽性命，愿牺牲自己下贬凡间，代为赎罪。吴夲被贬为凡人后，金星告知他一个能恢复神籍的方法，那就是要将一个被指定的凡人培养成他那样的神医。此人就是任二举。三红爹临终时，把三红托付给吴夲。三红却反倒执意不肯，不甚摔落悬崖，被瘟君救起。原来瘟君前来是意图与吴夲进行交易。
吴夲被带去王府给郡主看病，王府认定小姐的病是任二举造成的，已将他押解在王府。吴夲答应治好郡主的怪病，前提是先放了任二举。在任二举陪同下，吴夲给小姐看病。发现了其中蹊跷，原来小姐假装昏迷，吴夲趁机提出住在王府为郡主治病。晚宴上，试菜武士童铭中毒倒下，全场大惊。同时厨师傅天保遭人杀害。郡主服下了任二举在保生大帝指点下的药物。第二天，本应痊愈的郡主的病却让所有人都大吃一惊
