简介：面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想却不测区分，后者再度堕入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一同寻觅他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的情势越来越风险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有由于人类的统一而削弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想经过希望去完成预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越弱小，要挟到了整个“母体”的坚定。在前往锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中，尼奥允许为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体”又面临着一次天翻地覆的“重载”……