继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手统一一个潜伏在世界中的庞大要挟，并逐渐探求这些巨兽们的来源以及骷髅岛等地的巧妙。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战役发明出了这些超凡的生物，并深化影响了人类世界的命运。

这两位宛如神衹普通弱小的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的维护者们踏上了一次困难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种共同而弱小的严密联络。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉冤家路窄，也由此在全球惹起了一系列破坏。一股有形的力气构成了这两只巨兽之间的庞大抵触，深藏在地心深处的巧妙也由此揭开。