影片片承接第二集的故事，一场为寻觅自在的的漫长惊世战争正式展开。锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上一切武力，发起最大攻势，将整场战役由空中延伸到母体的天空，此外，救世主尼奥与宿计算机特工史密斯也将展开一场绝命殊死战

故事延续上一集的剧情，机械大军正在集中全力预备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安，另一方面，锡安的人民置信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机器之间的战争，但是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦境所苦恼母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球中心的深处，而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡查舰大举进攻他们的独一希望就是找到一名被称为“关键人物”的微妙人物，而他

面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想却不测区分，后者再度堕入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一同寻觅他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的情势越来越风险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有由于人类的统一而削弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼