将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了冤家，于是不再想以往一样一同战役，而是各自在喜欢的范围内研讨，以往一同举动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发作一连窜的怪事原来实业家马克西米林安J威特斯意图降服纽约市，秘密培育了一支远乖僻兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗权益又在城市的角落里摩拳擦掌！ 神龟们又处于备战外形了！他们再次结合