「沈黙のパレード」の4年前に起きた事情を描く「ガリレオ 禁断の魔術」。帝都大学の准教授である湯川のもとを刑事の草薙俊平と、部下の牧村朋佳が訪れる。殺害されたフリーライター?長岡修の部屋から、突然倉庫の壁に穴が開くという巧妙な動画ファイルが見つかったのだ。動画を観て珍しく興味を抱く湯川。「映像が撮影された場所を見せてくれ」と言う湯川のただならぬ様子を気にかけつつ、草薙は牧村とともに現場へ向かう。