本作是为了纪念在1996年起末尾的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影在跨越有数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”中止最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途在阅历一段时间后，游戏等人重新回归伟大的生活。但是，一名自称蓝神的微妙少年却出如今他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消逝的中央挖掘“千年积木”并方案将其重新完成，试图再度复生暗游戏。

2013年，由于修学旅游而分开台湾的女高中生小椋汐，遭到了突然出现的怪兽“退步侵略体”的袭击在军队完全没用的时分，谜之女子们出如今面前，他们是超国度机关“DOGOO”的代理人，承袭了“巨人之魂”，并将这股力气用之战役的“E遗传子持有者”终于，在友人面临危机之际，小椋汐身上的“巨人之魂”也醒悟了...

桑岛法子 / 三木真一郎 / 森久保祥太郎 / 鸟海浩辅 / 吉野裕行 / 游佐浩二 / 大川透 / 飞田展男 / 坪井智浩 / 津田健次郎