小智一行人照旧在无尽的旅途中前行着。某日,一个庞大的宝可梦突然突如其来,它的真身居然是幻之宝可梦波尔凯恩！波尔凯尼恩生活在偏远的尼贝尔高原之上,在那里生活着很多和它一样曾经遭到人类损伤而对人类失掉信任的宝可梦们。而如今,波尔凯尼恩为何会出如今此地？它终究想要做什么呢？  一道神奇的有形的锁链将小智和波尔凯尼恩牢牢的锁在了一同,无法之下,波尔凯尼恩只得带着小智一同前往它的目的地阿佐特王国。