故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大批战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给路途，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了猛烈的战役。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了应战。