ガイナックスによる人気ロボットアニメの劇場版「天元打破グレンラガン／紅蓮篇」に続く第2弾大グレン団は螺旋族王四天王を撃破し、王都テッペリンにて螺旋王ロージェノムとの壮絶な一騎打ちを制したシモン王都攻略後、瞬く間に文明を構築した人類だったが、宇宙にまでその手を伸ばしたとき、正体不明の敵が現れる……。

从小生活在大山深处的大山滨路（寿美菜子 配音），虽然只是一名14岁的少女，却在爷爷的训练下拥有过硬的捕猎技艺，一门夸张的铁炮更是威力无比爷爷逝世后，他接到哥哥道节（小西克幸 配音）的来信为了成为武士，道节早年只身闯荡江户，却不时未能如愿。滨路收拾好行囊，起身前往江户寻觅哥哥。与此同时，江户内拥有人与狗血缘的怪物“伏”暴虐横行，将军悬赏对其中止捕杀。道节窥到其中成名的希望，于是希望借助妹妹的力气猎杀

从小生活在大山深处的大山滨路（寿美菜子 配音），虽然只是一名14岁的少女，却在爷爷的训练下拥有过硬的捕猎技艺，一门夸张的铁炮更是威力无比爷爷逝世后，他接到哥哥道节（小西克幸 配音）的来信为了成为武士，道节早年只身闯荡江户，却不时未能如愿。滨路收拾好行囊，起身前往江户寻觅哥哥。与此同时，江户内拥有人与狗血缘的怪物“伏”暴虐横行，将军悬赏对其中止捕杀。道节窥到其中成名的希望，于是希望借助妹妹的力气猎杀

继续在世界各地中止修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于分开了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇小镇上屹立着意味时间与空间的光阴之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行小智一行走错了路，却由此结识外地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战役与快乐的游玩，却未觉察风险正悄然逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被外