主要讲述了缉毒大队长莫高（王铮饰）与贩毒集团头目陶三（李子雄饰）斗智斗勇，最终将贩毒集团一扫而空的故事。莫高在阅历卧底同事惨烈的死亡后，不但职业生涯遭遇史无前例的危机，还与女友小茹（甘婷婷 饰）发作了庞大的隔膜。但是莫高不时坚信“毒品一日不绝，禁毒一日不止”，高尚的信仰给予他焕生的力气。在新卧底兄弟的协助下，莫高步步为营，小心应对，将立功集团逍遥法外。

基层反扒公安张耀东，是外地有名的“反扒英雄”某天，耀东抓住了行窃的秦向明，却从其身上搜出患中期肺结核的诊断结果，原来向明的母亲患有十分严重的心脏病，家庭十分困难张耀东将向明送进了拘留所，却运用修班的时间探望其母亲，正逢她心脏病病发将她送进了医院。外号《医生》的扒手手艺拙劣，却不测被抓，让他的徒弟老夹钳十分震惊，也让他对张耀东充溢了猎奇，他决议出山会会张耀东，扬言要盗取他的义务证…………

1948年秋，中国际战进入最后阶段。拥有正轨军和杂牌军算计400余万的蒋家王朝在政治、经济和军事的各条阵线上连吃败仗，相继败走辽沈、相峙平津，又与中原和华东两大野战军对决徐蚌，一场大战在即，国民政府危如累卵。至此危殆时辰，一个名叫唐子奇的党国元老从美国飞越太平洋抵达南京。蒋经国代表蒋介石通知他命其立刻启动代号为“39号工程”的项目。