「黑暗之心」的故事始于某一天，一位微妙少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现，其后更发现她的记忆和感情均已失掉，而经过与岛上居民中止心灵交流，辉夜也一点点地取回了感情与此同时，自身战争的温达利亚岛却引来了大批的海贼，原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石为了帮辉夜取回她的记忆和感情，同时也为了再次恢复温达利亚的战争，异常由于某种缘由漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包屋义务和生活着的

边见瑞纪（下田麻美 配音）的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周（土田大 配音）一日，瑞记偶然翻开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小心爱的蜘蛛娘（金田朋子 配音）从中掉了出来。蜘蛛娘通知瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收容了她。但一名古籍师通知砚周，蜘蛛娘是十分风险的生物，只需接近她就会在不知不觉中被迷惑