在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战终了后，人类世界迎来了长达两年的战争岁月这一日，入间队长随同GUTS考古队分开位于南太平洋的远古遗址露露耶，他们再次发现了业已消灭的超现代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女首领卡美拉（芳本美代子 饰）入间竭力支持对古迹的震动，但丝毫无法改动下层的决议，最终招致三尊邪神复生，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑