企业号宇宙飞船遨游在太空，在人类和外星人中间传达好意，同时也在防范友好星球有可以的攻击行为，由于有迹象标明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可以发起新一轮的攻击皮卡特船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的停顿，时辰预备投入战役 可就在这时，罗木兰星球收回了和谈的讯息，星际联盟命令企业号前往谈判，当皮卡特船长第一次见到罗木兰星球新的执政官后惊呆了，原来对方就是罗木兰很久以前制造的皮卡特的人类复制品，

太空探测器收回的怪声招致地球风暴，并面临自毁的要挟寇克船长和他们的船员再度担负起援救人类的使命他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，独一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。