债台高筑的普通下班族古叶完治（椎名桔平饰）恼羞成怒，杀害了黑帮组织御殿川组的组长（高岛政宏饰）。在此之后，他改姓北原，只身逃往南美躲藏，并在外地一家赌场谋得职业。十年后的一天，赌场老板命令他回日本刺杀暴虐蛮横的实业家狭土万正（山路和弘饰）。为防止遭到国际通缉，北原只得硬着头皮重返故土。此时此刻，日本正因大地震和核泄漏饱受恐慌的折磨。御殿川组如今在控制在三姐妹亚芽（木村绿子饰）、仁子（赤间麻里子饰）

1992年，日政府在关西的筑波树立国际哥斯拉对策中心世界科技精英共聚一堂，合力研讨一部G超武器—机械哥斯拉以大前博士为首的调查团抵达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无损的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击调查团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战役到陆上……