2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多本国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了缜密的营救方案谁知当一切都故步自封中止之时，不测突然发作。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的下属陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由