故事描画女主角小樱（木之本樱）与男冤家小狼（李小狼）和其他同窗从小学毕业后升上初中的故事。　　在一次小樱做梦梦到53张樱之卡下面的图案都消逝了，一名微妙人物出现之后库洛牌都碎掉了，　　小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!　　在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了搜集透明牌的故事。

由于所在的波路中学开张，新学期一末尾，先岛光（花江夏树 配音）和两小无猜向井户爱花（花泽香菜 配音）以及好友比良平千咲（茅野爱衣 配音）、伊佐木要（逢坂良太 配音）转校至位于陆地的美滨中学继续学业。先岛和冤家们是生活在海底的海之民，传说很久以祖先类全部始于大海，大有一局部人迷恋陆地的生活，而坚持了神赐予的“胞衣”。千百年来，陆之民和海之民在摩擦中共存，他们之间有矛盾，有曲解，也有神往和向往。在新的