14年前，初号机疑似神化第一形状的醒悟带来近三冲击，使世界发作史无前例的剧变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了对立seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但相对制止真嗣登上初号机。感遭到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机