前往宇宙之眼的赛尔号要穿越一处名为雅丹星云洞的风险区域，但星云洞内被一层梦境结界掩盖，赛尔号深陷其中，临危授命的SPT前往幻梦星找到梦神赫尔墨斯撤销了却界，赛尔号继续前行离开星云洞内的生命树范围，能量告急的赛尔号预备借用生命树的树之灵来补充能量，但此时占据生命树范围的索伦森正争夺树之灵并试图应用其能量来消灭谱尼.....生命树范围原本是谱尼的修炼之地，谱尼感知到生命树范围的危机后进入了这片范围，索

赛尔号有意中破解了海盗集团的秘密信息，由此发现了一个叫做宇宙之眼的奥秘天体并在蒙塔,米咔和神兽不死鸟的协助下，在三大星球与吉约为首的海盗组织展开竞赛，最终击败吉约的专属精灵煞星，成功守护三圣宝石，从中取得了宇宙之眼的星际之路。

宇宙中的螺旋星系有颗美丽的星球——纳斯星球，星球上有一种神奇的果实，不时维护着整个纳斯星的生态平衡。 星球上的阿吉亚部落世世代代都守护着神之树，可是纳斯星上突然潜入了许多宇宙海盗，恰巧赛尔号上的先锋小队成员赛小息，阿铁打，卡璐璐途经此地，他们立刻参与了这场战役…随着战况晋级，四位神奇灵：电系王者雷伊，阴影之王布莱克，武斗胆小鬼盖亚，绝地武士卡修斯也参与了出去……