初代小林少年のひ孫・小林芳狼は、親友のワタリ、そして幼なじみにして明智小五郎のひ孫である明智小夜と共に、ごく伟大な高校生活を送っていた。そんなある日、芳狼の前に10年ぶりに怪人二十面相が姿を現す。二十面相は「約束の時は近い」とだけ言い残し去って行く。果たして二十面相の言う「約束」の真意とは…？ 　同じ頃、学園には次々と怪事情が起こり、ミステリー同好会メンバーであるクロサキ、夢野正太郎、塚原舜は事情

小林芳狼是少年侦探团初代团长小林少年的曾孙在芳狼面前，10年前行迹不明的怪人二十面相出现了二十面相只留下一句“商定的时间近了”就分开了，二十面相所说的商定终究是什么意思？四处奔走的芳狼、明智小五郎的曾孙小夜和他的两小无猜等特性丰厚的成员们聚集，一切谜团相互缠绕，找到答案“少年侦探团”才可以复生。

　　小林芳狼是少年侦探团初代团长小林少年的曾孙在芳狼面前，10年前行迹不明的怪人二十面相出现了二十面相只留下一句“商定的时间近了”就分开了，二十面相所说的商定终究是什么意思？四处奔走的芳狼、明智小五郎的曾孙小夜和他的两小无猜等特性丰厚的成员们聚集，一切谜团相互缠绕，找到答案“少年侦探团”才可以复生。