《深海巨妖2》承接上一部的精彩剧情，面人爷爷在对立恶权利的进程中不幸遇难，临终前吩咐蒋云飞不要再苟且度日迷失自己，势必要协助大雁打败幽冥王，完毕这样毫无兽性的黑暗统治，心系妹妹的王大雁不顾路途凶险执意要前往魔域，蒋云飞为维护大雁一改颓靡不振的形状，最终两人联手冒着生命风险与幽冥王及其手下展开了殊死竞赛

天合十三年，洛阳安家肆奸植党，荼毒洛阳百姓，权益不时扩展，并勾搭了妖道凌玄上师，意欲起兵造反心系天下的书生杜子腾将凌玄之徒月半娇引入正道，与背负杀妻之仇的青莲剑客李白，一同踏上了援救苍生的路途……洛阳之战一触即发

上元节，繁华的长安城内妖气弥漫，文武百官进宫赴宴，国师凌玄上师与爱徒月半娇也在其中月半娇隐约见到贵妃变成树妖，不顾师父阻拦将其打倒在地皇帝大怒，下旨将月半娇押入大牢，月半娇狱中遇到同被关押的青年佳人杜子腾，两人逃离监狱后，又结识了青莲剑仙太白先生、青楼杀手十二娘，组成了捉妖小队一同完成除妖救国的大计，但很快他们便发现，长安城危机的面前似乎有人作祟……

讲述了一品爵爷陈绳武与顺治皇帝落入了穆里玛的圈套当中流落官方，恰恰离开了滇南王的地盘并在看法了滇南王的未婚妻夜莺，为了挽救夜莺和顺治陈绳武与滇南王吴大帅及其子吴少保往来周旋的故事

蒋云飞及其妻子一行人在幽冥船寻觅在船上失踪的孩子妙妙，却遭到了幽冥王及其手下的攻击，蒋妻和随行的副官都被残酷杀害，尸体也都被将左将右处置，只要蒋云飞被留了活口。多年后，身手矫捷鬼灵精怪的王大雁在魔船上丢了妹妹，巧遇不时在船上寻子心切的北洋军人蒋云飞，两人联手经过重重清查，得知亲人的失踪与幽冥王有关，遂与幽冥王及其手下展开一连串匪夷所思、惊险无比的海上大战。