公元2220年，曾经为了维护地球和人类的大和号已在水瓶之海中醒悟了17年之久。而阅历了较长一段和往常期的地球，却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系接近，人类赖以生活的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机，人类末尾实行浩荡的移民方案，借助运输船的协助，人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。但是在这一进程中，运输船被星际国度联盟的外星生命视作侵略者，继而遭到消灭性的打击，现代进