在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研讨公司的员工肚子里钻出来逃跑了Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alienScully证明出Gibson可以是外星人（一切人类都可以是）。X档案如今由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

特工艾利克隶属FBI海外秘密部门，因执行义务失败被免职，以维修电话为生。一伙雇佣兵闯入艾利克父亲所在的化工厂，希图炸掉化工厂释放神经毒气要挟政府释放重刑犯克鲁格并索要2千万美金的钻石做为赎金。若毒气被释放，整个城市几百万人口将无一幸存。艾利克经过维修电话线路不测收听到强盗与政府的买卖，单枪匹马潜入化工厂。殊不知这是FBI谋划的一场阴谋，意图除掉艾利克。深陷危机的艾利克只能搏命回击，与FBI幕后黑手