谁也不曾想过，七十年前那期微妙的罗斯威尔事情，时至昔日仍对全体人类发作着如此庞大的影响并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里某天，过着颓丧生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信任的同伴——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一同。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的掌管人找到他们，希望

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研讨公司的员工肚子里钻出来逃跑了Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alienScully证明出Gibson可以是外星人（一切人类都可以是）。X档案如今由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星叛变者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕穆德的办公室被搜索，斯科莉央求Skinner（Mitch Pileggi 饰）协助寻觅同伴，孤枪侠也参与出去FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两集团的初次会面不欢而散。调查局发现穆