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“闇之书事情”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友谊牵绊、为了追求各自的梦想完成而参与时空管理局，并以一流魔导师的身分生动 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目的而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事情”的状况，八神疾风思索到设置可以迅速对应的

半年前的一连串遭遇，彻底改动了三年级小先生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了心爱的小同伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并经过连番激战与深锁着有数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友新学期末尾，菲特以小先生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了颠簸期克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的