在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了微妙剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危殆时辰无名救了他一命。从此两人结伴同行。性情乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不时，但渐渐成了好冤家。 　　白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们末尾着手预备某种仪式。

14年前，初号机疑似神化第一外形的醒悟带来近三冲击，使世界发作史无前例的剧变在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了统一seele和NERV的WilleWille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但相对制止真嗣登上初号机。感遭到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，前