工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次清查黑衣人立功团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常协助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少特务武器。为了防止立功团伙对他中止报复，新一决议隐姓埋名，暗中清查他们，希望能失掉解药。一日，新一 的女友毛利兰分开了阿笠博士的家寻觅男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下假造了自己名叫江户川柯南，随后柯南旅居在了小兰家。小兰的父

一天毛利小五郎收到一张请帖，外面是谜样女子的委托，需求前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地抵达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名微妙女子的圈套。一切带上手表的人不得分开游乐场，否则便会发作爆炸。从如今末尾到早晨十点，柯南和小五郎假定不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园肝脑涂地。但是更意想不到的是，那名女子居然直接称谓柯南为工藤新一。

大学４年生の新谷杏奈（池田エライザ）はいつも通り授業を受けていると、通路を挟んだ席に座る先生がこちらをじっと真顔で凝視していることに気づく。怖くなり友人に助けを求めようと振り返ると大教室にいる全員の視線が自分に向けられていた。杏奈は尋常ではない視線の数に恐惧を覚え、教室を飛び出すが、廊下でも先生全員の視線を感じる。急いで家に帰る杏奈だが、街中でも一人残らず自分を見つめてくる。翌日もその場にいる全員

柯南等人受邀前往大阪参与电影《大怪兽哥美拉VS假面超人》的开幕式，但制片人米仓却在库房新奇死于庞大怪兽道具的身下。众人用来系住怪兽的绳子被尖锐物体划断，大阪警署以为这绝不只是一场复杂的事故......

阴沉时节，江户川柯南（平地南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的同伴们一同分开京都，他们行将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的觉得，时期还结识了美丽又有着几分微妙的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）谁知快乐的气氛很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消逝的自卫队员又惹起军方的恐慌与猜想原来某国微妙特务X已悄然登上宙斯盾，乘机盗取战舰上的

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　舞台：大阪&京都，正在录制"皐月杯"百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台突然发作爆炸，千钧一发之际，急忙赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人杀害，监控器里所显示出的是——红叶...原作中的重要角色，百人一首高中生冠军，自称"平次未婚妻"的大冈红叶，将初次在剧场版中退场，新一和小兰

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与军队交火。危殆之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷漠地命令：驾驶称为“EVA”的庞大人型机器人与使徒

微妙的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度商定之时，分开了NERV底层中央教条的白色水池边。她的命运似乎就将在此终了。　　在危殆时辰，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完方案”的探查义务，还要维护碇真嗣与明日香，以及防范SEELE 对初号机与二号机的物理接触。　　出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？暂时与SEELE同事的碇元度、

一年一度的七夕行将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发作六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇特暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷繁聚到东京警署的专案组共同研讨案情，毛利小五郎也被...