阴沉时节，江户川柯南（平地南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的同伴们一同分开京都，他们行将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的觉得，时期还结识了美丽又有着几分微妙的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）谁知快乐的气氛很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消逝的自卫队员又惹起军方的恐慌与猜想原来某国微妙特务X已悄然登上宙斯盾，乘机盗取战舰上的

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