迷信警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人通知他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上暂时生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，并可以用"闪光之星"来随时变身，使人类得以应付行将到来的各种危机…作为奥特曼系列的动画版，比起特摄片有固有的优势在这里，主角可以做以

20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描くハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記