Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他末尾着手调查一个环保署职员死亡的案件

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾阅历一同新奇微妙的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明从此穆德便专注于微妙事情的研讨，并专门担任FBI总部的X档案部门因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），外表上是协助穆德义务，实际上是希望这名崇尚迷信

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的中央”搜集需求的资料本季展开越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人结合起来抵抗殖民阴谋史考莉被绑架时子宫被移除，但往年却出现了她的孩子——艾蜜莉。往年制造小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外往年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，参与了一

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星叛变者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕穆德的办公室被搜索，斯科莉央求Skinner（Mitch Pileggi 饰）协助寻觅同伴，孤枪侠也参与出去FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两集团的初次会面不欢而散。调查局发现穆