在代欧奇希斯（以下代欧）变成进攻型态与裂空坐继续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播继续呼吁民众这并非演习，而小超则在押窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只忧伤的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静上去。原来它的同伴负电拍拍被陷进渣滓桶里无法挣脱，小超决议协助。

千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，分开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安。在魔术扮演中，小胜听到一阵纤细的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年，可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的

正在中止修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回扮演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅游。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝

大崎娜娜（朴璐美配音），心胸音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信配音）、好友高木泰（川原庆久配音）、寺岛伸夫（关智一配音）合组乐队BlackStones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京展开，二人自愿分手。时隔两年，娜娜也决议前往东京，找来泰和伸夫重整BlackStones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼上下。小松奈奈（KAORI配音），永远沉溺在恋爱梦中的不靠谱小镇姑

小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们分开了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）英勇参战，并且最终仰仗着弱小的实力夺得了头筹，取得了珍贵的宝物“勇者之杖”。 但是，让小智没有想到

大崎娜娜（朴璐美 配音），心胸音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信 配音）、好友高木泰（川原庆久 配音）、寺岛伸夫（关智一 配音）合组乐队Black Stones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京展开，二人自愿分手。时隔两年，娜娜也决议前往东京，  找来泰和伸夫重整Black Stones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼上下。小松奈奈（KAORI 配音），永远

小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们分开了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）英勇参战，并且最终仰仗着弱小的实力夺得了头筹，取得了珍贵的宝物“勇者之杖” 

千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成…… 　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程为了观看千年彗星出现的刹那，分开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安在魔术扮演中，小胜听到一阵纤细的呼唤声… 　　那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年，可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的

　小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们分开了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）英勇参战，并且最终仰仗着弱小的实力夺得了头筹，取得了珍贵的宝物“勇者之杖” 　　但是，让小智没有想到的是，传说中的神奇宝贝路卡利欧居然从杖中献身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，微妙莫测的神奇宝贝梦境献身会场，掳走