照常中止修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转分开水之都奥多马雷参与紧张抚慰的水上竞赛。奥多马雷传达着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力弱小的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至昔日，神圣的心灵之滴却惹起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）

在代欧奇希斯（以下代欧）变成进攻型态与裂空坐继续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播继续呼吁民众这并非演习，而小超则在押窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只忧伤的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静上去。原来它的同伴负电拍拍被陷进渣滓桶里无法挣脱，小超决议协助。

千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，分开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安。在魔术扮演中，小胜听到一阵纤细的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年，可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类弱小的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类中止复仇。 曾经失掉了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练巨匠为目的而不时的旅游，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚终了了和训练家的对战，接着收到了一封微妙人的约请函，约请他们参与世上最强的小精