在代欧奇希斯（以下代欧）变成进攻型态与裂空坐继续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播继续呼吁民众这并非演习，而小超则在押窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只忧伤的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静上去。原来它的同伴负电拍拍被陷进渣滓桶里无法挣脱，小超决议协助。

千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，分开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安。在魔术扮演中，小胜听到一阵纤细的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年，可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的