成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

在每一个角落都被探求终了的世界中，独一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。 不知道延续到何方，深不见底的庞大纵向洞穴， 栖息着巧妙奇特的生物们， 沉眠着如今的人类无法制造的珍贵遗物。 “阿比斯”那充溢了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。 如此，屡次应战大洞穴的冒险者们， 陆续失掉了“探窟家”的名号。 住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可， 梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并