成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人世寻觅弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）怪物界的宗师（津川雅彦 配音）行将转生为神，接任他位置的人选将在猪王山（山路和弘 配音）和熊彻之间发作，但是没有嫡传弟子让熊彻希望渺茫借此机缘，莲闯入了怪物世界，他和熊彻之间争持不时，可是在抵触的进程中似乎又渐渐认同彼此。转眼间莲（染谷将太 饰）已生长为武功高强的

古色古香的京都，巧妙的恋爱之旅正在展开春天，黑发少女踏上寻觅伪电气白兰地的夜之旅，学长却被突如其来的锦鲤砸晕；夏天，少女在旧书市寻觅心爱的童年绘本，学长则面临严酷的火锅天堂；秋天，身背红鲤鱼的少女化身不倒翁公主，与拼死出演顽固王的学长相遇在学园祭的舞台；冬天，手持梦境感冒药的少女打倒感冒之神，与学长一同向京都的天空飞去……

9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人世寻觅弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）怪物界的宗师（津川雅彦 配音）行将转生为神，接任他位置的人选将在猪王山（山路和弘 配音）和熊彻之间发作，但是没有嫡传弟子让熊彻希望渺茫借此机缘，莲闯入了怪物世界，他和熊彻之间争持不时，可是在抵触的进程中似乎又渐渐认同彼此。转眼间莲（染谷将太 饰）已生长为武功高强的