地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处置和外星人相关的事情。 　　纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下参与了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的伙伴。&nbs;　　J应对的 第一同事情就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子动力

故事发作在第一部的四年之后，此时特警K曾经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的义务卡洛瑟星罪恶女王蛇莲娜分开地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾央求MIB把“萨塔之星”藏在地球，片面担任这件事情的K为了地球的平安，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻觅k，调查当年事情的真相。