故事发作在第一部的四年之后，此时特警K曾经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的义务卡洛瑟星罪恶女王蛇莲娜分开地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾央求MIB把“萨塔之星”藏在地球，片面担任这件事情的K为了地球的平安，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻觅k，调查当年事情的真相。